Não foi por pouca quantidade de peças novas que o Náutico teve insucesso na temporada 2023, somando as desclassificações nas quartas de final do Campeonato Pernambucano e da Copa do Nordeste, além de cair na terceira fase da Copa do Brasil e na primeira da Série C do Campeonato Brasileiro. No ano, o Timbu trouxe 33 reforços. Três times completos, com a grande maioria não deixando saudades. No gol, o Náutico trouxe Vagner, Cássio e Gabriel Leite. O primeiro chegou no começo da temporada, sob forte desconfiança da torcida. Aos poucos, com boas atuações, foi ganhando moral.
Até que falhou no empate em 1x1 com o Salgueiro, nos Aflitos, nas quartas de final do Estadual, além de perder uma das penalidades que fizeram o Timbu ser eliminado na fase, perdendo a vaga na Copa do Brasil em 2024. Na Série C, o goleiro voltou a ter boas atuações, mas, novamente em um momento decisivo, o camisa 1 foi determinante para o revés, falhando no segundo gol do Sâo Bernardo-SP, no empate em 2x2, nos Aflitos. Duelo que tirou a chance de o Náutico avançar ao quadrangular. Quanto a Cássio e Gabriel Leite, ambos tiveram poucas chances de jogar. O primeiro, vindo da base do América-MG, fez apenas uma partida, assim como o segundo, que só pisou em campo diante do Paysandu, pela terceira divisão. Nas laterais, chegaram Alan Cardoso, Rennan Siqueira, Diego Ferreira e Diego Matos.
O primeiro disputou apenas quatro partidas. Rennan veio justamente em seguida para suprir a saída de Cardoso, jogando tanto na esquerda como de terceiro zagueiro - principalmente por conta de uma lesão na vértebra sofrida por Matos. Na direita, Ferreira chegou a jogar com mais regularidade quando Victor Ferraz, outro nome da posição, era escalado no meio, mas em seguida virou apenas opção no banco. Sete zagueiros foram contratados. Denilson foi o único nome que, mesmo com todas as mudanças de técnico e de formação, manteve-se na base titular. Paulo Miranda deixou o clube após ser punido pelo Superior Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) por participação em esquema de manipulação de resultados em jogos do futebol brasileiro. Odivan tentou suprir a lacuna, mas sofreu grave lesão no joelho e ficou fora dos planos na reta final. Wesley Junio e Danilo Cardoso não se destacaram. Nos últimos duelos, Joecio e Richardson vieram para completar o setor, com o segundo virando titular.
Assim como Denilson na zaga, Jean Mangabeira também se manteve como peça quase intocável na cabeça de área. Juan Gauto chegou a ter espaço no início da temporada, mas saiu em junho. Elton e Lima desembarcaram na reta final da Série C, sem grandes participações. Nathan veio antes, brilhou com gol na vitória por 2x1 diante do Vila Nova, nos Aflitos, pela segunda fase da Copa do Brasil, mas deixou o clube após se lesionar. Os meias Alexandre Tam e Yago Ferreira sequer jogaram. Matheus Carvalho, um dos primeiros anunciados em 2023, não teve a mesma participação decisiva da primeira passagem, em 2019. Eduardo e Gabriel Santiago, vindos por indicação do técnico Dado Cavalcanti, intercalaram momentos na equipe titular, mas sem se firmarem de fato.
Do ataque, Regis Tosatti foi um dos reforços de pior atuação em 2023. Thiaguinho pouco agradou também. Jeam, trazido para suprir a ausência momentânea de Jael, machucado, foi outro nome apagado. Por falar no “Cruel”, o centroavante também ficou aquém do esperado, sendo lembrando ainda por um pênalti desperdiçado diante do Salgueiro. Alisson Santos, com um gol, e Berguinho, com três, tentaram ganhar espaço na equipe, mas não tiveram protagonismo. Paul Villero foi titular em praticamente toda a temporada, mesmo tendo mais transpiração do que inspiração nos jogos. No final, porém, sequer foi utilizado diante do São Bernardo. Ribamar e Maxwell chegaram faltando duas rodadas e tiveram pouco tempo de adaptação, ainda que o primeiro tenha sido decisivo com gols perante o Brusque.